Jezioro Jeleń położone jest około 4km na północny wschód od centrum Bytowa, jest zbiornikiem nie przepływowym, należy do zbiorników dimiktycznych z pełną do dna w okresie wiosennym i jesiennym. Posiada trzy warstwy:
-epilimion, który dochodzi do 6 m
-metalinion o miąszości do 3,5m
-hypolimion, głęboki 16 do 22m

Obszar strefy chronionej jeziora Jeleń zajmuje 90,6ha. co stanowi 32% całej zieleni. Jest to pas obrzeża o szerokości od 1000m do 360m. Najszerszy jej zasięg znajduje się w południowo-wschodniej części jeziora wokół zatoki tzw. Mały Jeleń i południowo-zachodniej w pobliżu osiedla Rzepnica. Wyznaczona strefa spełnia rolę filtra chroniącego jezioro przed czynnikami niekorzystnie wpływającymi  na czystość jego wód.

Pomimo obciążenia jeziora ładunkami biogenów docierającymi z wewnątrz jezioro charakteryzuje się oligotroficznym charakterem i 1 klasą czystości wód. O walorach tego jeziora, oprócz stosunkowo dużej przejrzystości wody, decyduje obecność gatunków roślin wskaźnikowych dla jezior lobeliowatych tj: lobelii jeziornej (Lobelia dortmanna), bieżycy jednokwiatowej (Littorella uniflora) i poryblina jeziornego (Isoetes lacustris).

Wszystkie wymienione gatunki są objęte ścisłą ochroną gatunkową i znalazły się w „Polskiej czerwonej księdze roślin ginących”. Są to tzw. gatunki reliktowe – będące pozostałością flory z minionych epok geologicznych. Wszystkie trzy gatunki są wrażliwe na zmianę jakości wody, a tym samym warunków ich życia. W momencie dostania się zanieczyszczeń do wody roślinność reliktowa ginie bezpowrotnie.

Jezioro znajduje się na obszarze obciętym ochroną w ramach europejskiej sieci „Natura 2000” – pod nazwą Bytowskie Jeziora Lobeliowe  PLH 220005). Zgodnie z uchwałą Nr XIV/130/99 Rady Miejskiej w Bytowie w sprawie uznania za użytki ekologiczne jezior lobeliowych i innych przyrodniczo najcenniejszych,zlokalizowanych na terenie gminy Bytów, jezioro Jeleń stanowi użytek ekologiczny. Ponadto położone jest w granicach otuliny Parku Krajobrazowego „Dolina Słupi”.